De plus, la nature transversale de nombreuses infrastructures européennes de recherche entraîne parfois un processus décisionnel plus complexe au sein des partenaires de ces infrastructures dans la mesure où plusieurs ministères et agences de financement doivent être impliqués, par exemple dans les domaines de la santé, de la recherche, des affaires maritimes, de l’environnement et de l’énergie.
Bovendien leidt het horizontale karakter van veel Europese onderzoeksinfrastructuren in diverse gevallen tot een complexer besluitvormingsproces bij de partners van deze infrastructuren, aangezien daarbij verschillende ministeries en financieringsorganen betrokken moeten worden, bijvoorbeeld op gebieden als gezondheidszorg, onderzoek, mariene aangelegenheden, milieu en energie.