Bien qu'elle n'apparaisse pas dans le texte du protocole, une note explicative figurant dans la proposition de la Commission indique que la différence par rapport au montant que la Mauritanie aurait perçu au cours des quatre prochaines années si la compensation financière prévue par le protocole actuel avait été maintenue pourrait, si les conditions le permettent, être compensée par un apport du Fonds européen de développement (FED) d'un montant de 40 millions d'euros répartis sur trois ans à compter de 2009.
Hoewel dit niet uitdrukkelijk in het protocol is opgenomen, vermeldt het voorstel van de Commissie in een toelichtende nota dat het verschil met wat Mauritanië zou hebben ontvangen indien de financiële tegenprestatie van het huidige protocol tijdens de komende vier jaar was gehandhaafd, zou kunnen worden bijgepast, indien de omstandigheden dit toelaten, door een bijdrage van 40 miljoen euro uit het Europees Ontwikkelingsfonds (EOF) over een termijn van 3 jaar vanaf 2009.