L'histoire du Pavillon n'est pas un long fleuve tranquille et ce depuis sa création, avec les nombreux conflits opposants Jef Lambeaux et Victor Horta, jusqu'à aujourd'hui avec, entre autres, les problèmes liés à la concession du Pavillon Horta à l'asbl « Centre Islamique et Culturel de Belgique ».
Het Hortapaviljoen kent een bewogen geschiedenis: van meet af aan waren er tal van conflicten tussen Jef Lambeaux en Victor Horta en tot op vandaag blijft het gebouw het voorwerp van discussie met onder meer de problemen betreffende de concessie ervan aan de vzw “Islamitisch en Cultureel Centrum van België”.