Afin d'éviter d'éventuels conflits d'intérêts et pour faire en sorte que ses effectifs et ses ressources soient utilisés essentiellement pour des tâches de coordination, Eurojust devrait néanmoins rester une unité judiciaire, qui ne participe pas directement aux travaux administratifs, politiques ou législatifs du Parlement européen, du Conseil et de la Commission.
Teneinde mogelijke belangenconflicten te vermijden en te garanderen dat de inzet van personeel en middelen op de coördinatieopdrachten wordt gericht moet Eurojust evenwel een justitiële eenheid blijven die niet rechtstreeks betrokken is bij de administratieve, politieke of wetgevende werkzaamheden van het Parlement, de Raad en de Commissie.