Force est toutefois de constater que la comitologie modifie l'équilibre entre les institutions communautaires, et ce au détriment du Parlement européen, qui est mis sur la touche, et de la Commission, dont le rôle en tant qu'organe exécutif de la Communauté devient plus flou et est affaibli.
De comitologie leidt er echter ook toe dat het evenwicht tussen de instellingen binnen de Gemeenschap wordt gewijzigd, ten nadele van het Europees Parlement, dat wordt uitgesloten, en van de Commissie wier rol als uitvoerend orgaan van de Gemeenschap vervaagt en wordt aangetast.