Plusieurs questions restent posées concernant le rôle spécifique des CCI dans l'environnement de recherche complexe de l'Union, notamment vis-à-vis des initiatives de programmation conjointe, des plateformes technologiques européennes, des initiatives technologiques conjointes (ITJ), des projets ERA-NET, mais aussi d'"Erasmus pour tous", des "alliances de la connaissance" ou des "alliances sectorielles pour les compétences" et des actions Marie Curie.
Een aantal vraagstukken is nog niet opgelost, zoals specifieke rol van de KIG's in het complexe EU-onderzoekslandschap, met name ten opzichte van gezamenlijke programmeringsinitiatieven, Europese technologieplatformen, gezamenlijke technologie-initiatieven, ERA-Nets maar ook van Erasmus voor iedereen, kennisovereenkomsten en overeenkomsten voor sectorvaardigheden en met de Marie Curie-acties.