Des dérogations pouvaient, en outre, être autorisées de façon à permettre le paiement d'acomptes supplémentaires, le paiement d'avances aux bénéficiaires et la possibilité d'appliquer le programme sur une base rétrospective ainsi que de déroger à certaines dispositions de la convention pluriannuelle de financement telles que les obligations en matière de marchés publics.
Daarnaast zouden er derogaties kunnen worden toegestaan die de mogelijkheid creëren tot aanvullende voorschotten, voorschotten aan begunstigden, toepassing van het programma met terugwerkende kracht, en ontheffing van een aantal bepalingen van de meerjarige overeenkomst voor de financiering zoals verplichtingen met betrekking tot overheidsopdrachten.