Devant l'omission constatée dans la proposition de directive, le Parlement propose (amendement 53) que, lors de la première période couverte par la directive (2005‑2007), préalablement au lancement du système international d'échange d'émissions (en 2008), l'utilisation de crédits d'émission obtenus grâce aux projets relevant du mécanisme de développement propre (MDP) et de la mise en œuvre conjointe (MOC) soit tout à fait interdite, dans la mesure où l'un des deux principaux objectifs assignés à la directive est une réduction des émissions dans l'UE.
Aangezien dit aspect in de ontwerprichtlijn ontbrak, stelde het Parlement voor (amendement 53) dat tijdens de eerste door de richtlijn bestreken periode (2005-2007), d.w.z. voor de start van de internationale regeling voor handel in broeikasgasuitstootrechten, kredieten verkregen uit projecten in het kader van het mechanisme voor schone ontwikkeling (CDM) en van de gemeenschappelijke uitvoering (JI) buiten de onderhavige richtlijn vallen, aangezien een van de hoofddoelstellingen van de richtlijn erin bestaat de uitstoot in de Europese Unie te verminderen.