Néanmoins, des problèmes majeurs subsistent quant à la traçabilité des matières, à la clarification de la réglementation relative aux SPA vis-à-vis d'autres dispositions communautaires, et à la nécessité d'une approche davantage fondée sur les risques concernant la classification des SPA et les contrôles.
Er bleven evenwel een aantal kwesties open inzake het garanderen van de traceerbaarheid van materialen, de verhouding tussen de regelgeving voor dierlijke bijproducten en de andere communautaire regelgeving moest nog worden verduidelijkt, en voor de indeling van dierlijke bijproducten in categorieën en voor de controles moest er een meer op risico's gebaseerde aanpak komen.