Eurojust et le procureur européen chargé de la protection des intérêts financiers de la Communauté seraient parfaitement complémentaires: tandis que le projet de nomination d'un procureur européen consiste à centraliser la direction des poursuites dans un domaine fondamentalement européen mais bien limité, Eurojust est une structure ayant vocation à travailler avec les instruments traditionnels de coopération dans un domaine beaucoup plus large de la grande criminalité.
Eurojust en het Europees openbaar ministerie, belast met de bescherming van de financiële belangen van de Gemeenschap, zouden elkaar aanvullen: het Europees openbaar ministerie zou de leiding van de strafvervolging op een specifiek gemeenschappelijk, maar begrensd gebied centraliseren; Eurojust daarentegen zou met behulp van de klassieke samenwerkingsmiddelen op een ruimer gebied van de zware criminaliteit werkzaam zijn.