Dans le cadre du programme de travail commun, aussi bien au niveau de l'établissement ou de la mise en œuvre de celui-ci, le Comité de ministres se voit également accorder la compétence de conclure des conventions de coopération entre l'Union Benelux, d'une part, et les États, entités fédérées et entités administratives limitrophes du territoire des Hautes Parties contractantes, d'autre part.
Ook in het kader van het Gemeenschappelijk Werkprogramma, zowel bij de opstelling als bij de uitvoering ervan, verkrijgt het Comité van ministers de bevoegdheid tot het sluiten van samenwerkingsakkoorden tussen enerzijds de Benelux Unie en anderzijds de staten, deelstaten of bestuurlijke entiteiten die grenzen aan de grondgebieden van de Verdragspartijen.