Les revenus et les dépenses de l’ISP sont soumis chaque année au contrôle d’une commission comprenant deux représentants du Service public de programmation (SPP) Politique scientifique, deux représentants du Service public fédéral (SPF) Santé publique et un commissaire du gouvernement.
De inkomsten en uitgaven van het WIV worden jaarlijks gecontroleerd door een commissie waarvan twee vertegenwoordigers van de Programmatorische Overheidsdienst (POD) Wetenschapsbeleid, twee vertegenwoordigers van de Federale Overheidsdienst (FOD) Volksgezondheid en een regeringscommissaris deel uitmaken.