Le Traité de Lisbonne, à l'instar du Traité constitutionnel, prévoit aussi que le président de la Commission européenne sera élu par le Parlement européen — à la majorité simple de ses membres — sur la base d'une proposition présentée par le Conseil européen qui statuera à la majorité qualifiée. Le Conseil européen devra, dans sa proposition, tenir compte du résultat des élections européennes.
Het Verdrag van Lissabon voorziet naar het voorbeeld van het Grondwettelijk Verdrag tevens dat het Europees Parlement (met gewone meerderheid van stemmen) de voorzitter van de Europese Commissie verkiest, nadat de Europese Raad met gekwalificeerde meerderheid van stemmen en rekening houdend met het resultaat van de Europese verkiezingen een kandidaat heeft voorgedragen.