La mission de la Cour des comptes à l'égard des budgets et de la comptabilité des communautés, des régions et des organismes publics qui en dépendent résulte de l'article 50 de la loi spéciale du 16 janvier 1989 relative au financement des Communautés et des Régions, qui prévoit, notamment, que le compte général des Communautés et des Régions est transmis à leur Parlement, accompagné des observations de la Cour des comptes, et que la loi détermine les dispositions générales relatives à l'organisation du contrôle de la Cour des comptes en ce qui concerne les budgets et la comptabilité des communautés et des régions et en ce qui concerne les organismes d'intérêt public qui dépendent de celles-ci.
De taak van het Rekenhof ten aanzien van de begrotingen en de boekhouding van de gemeenschappen en gewesten en van de openbare instellingen die ervan afhangen, vloeit voort uit artikel 50 van de bijzondere wet van 16 januari 1989 betreffende de financiering van de gemeenschappen en gewesten, dat onder andere bepaalt dat de algemene rekening van de gemeenschappen en gewesten, samen met de opmerkingen van het Rekenhof, aan hun Parlement wordt overgezonden, en dat de wet de algemene bepalingen vastlegt met betrekking tot de organisatie van de door het Rekenhof uitgeoefende controle op de begrotingen en de boekhouding van de gemeenschappen en gewesten, alsook met betrekking tot de instellingen van openbaar nut die ervan afhangen.