En outre, même si l'on fixe la même peine applicable à une infraction, il y a des divergences importantes dans les règles générales de droit pénal des Etats membres, qui amènent à une différence entre la peine prononcée et exécutée (par exemple en ce qui concerne la recherche active des délits, l'application du principe de légalité ou d'opportunité des poursuites, le niveau de peine prononcé et la peine réellement exécutée).
Zelfs indien voor een strafbaar feit dezelfde straf wordt vastgesteld, leiden grote verschillen inzake de algemene strafrechtelijke bepalingen van de lidstaten er bovendien toe dat de opgelegde straf verschilt van de tenuitvoergelegde straf (bv. wat betreft de actieve opsporing van strafbare feiten, de toepassing van het legaliteits- of het opportuniteitsbeginsel inzake vervolgingen, de hoogte van de opgelegde straf en de daadwerkelijk tenuitvoergelegde straf).