La conciliation a porté en particulier sur l'article 1er et l'article 4, qui établissent, respectivement, l'objet et les objectifs environnementaux de la directive, l'article 11, qui concerne le programme de mesures, l'article 16, qui précise les stratégies de lutte contre la pollution de l'eau, et un nouvel article 16 bis, qui introduit le principe d'une directive fille pour prévenir et contrôler la pollution des eaux souterraines, ainsi que sur la définition des substances dangereuses, figurant à l'article 2.
De bemiddeling betrof vooral de artikelen 1 en 4 (doel en milieudoelstellingen van de richtlijn), artikel 11 (maatregelenprogramma), artikel 16 (strategieën voor de bestrijding van waterverontreiniging) en een nieuw artikel 16 bis (dat het principe van een dochterrichtlijn invoert om grondwaterverontreiniging te voorkomen en te beheersen), alsmede de definitie van gevaarlijke stoffen in artikel 2.