Un plan de gestion Natura 2000 peut notamment imposer aussi des limitations qui interdisent « de façon absolue ou rendent impossibles des travaux ou actes qui correspondent aux plans d'aménagement ou aux plans d'exécution spatiaux en vigueur dans l'aménagement du territoire ou empêchent la réalisation de ces plans et de leurs prescriptions d'affectation (article 9, § 1, alinéa 1, du décret sur la conservation de la nature).
Een managementplan Natura 2000 kan onder meer beperkingen opleggen, ook wanneer « die absoluut werken of handelingen verbieden of onmogelijk maken die overeenstemmen met de plannen van aanleg of de ruimtelijke uitvoeringsplannen van kracht in de ruimtelijke ordening, [of] de realisatie van die plannen en hun bestemmingsvoorschriften verhinderen » (artikel 9, § 1, eerste lid, van het Decreet Natuurbehoud).