En tant que mesure d'exécution du programme "Horizon 2020", l'entreprise commune Bio-industries doit évidemment s'inscrire dans le droit fil des priorités d'"Horizon 2020" en matière de recherche et d'innovation, tels qu'établis dans les volets "Primauté dans le domaine des technologies génériques et industrielles" et "Sécurité alimentaire, agriculture et sylviculture durables, recherche marine, maritime et dans le domaine des eaux intérieures et bioéconomie".
Als uitvoeringsmaatregel van Horizon 2020 moet BBI uiteraard beantwoorden aan de onderzoeks- en innovatieprioriteiten van Horizon 2020 die in het kader van de uitdagingen "Leiderschap op het gebied van ontsluitende en industriële technologieën" en "Voedselzekerheid, duurzame landbouw, marien en maritiem onderzoek en de bio-economie" zijn vastgesteld.