La BEI possède une vaste structure de contrôle et de reddition de comptes, qui comprend un comité de vérification indépendant — nommé par le conseil des gouverneurs, auquel il rend compte directement –, un cabinet international de réviseurs externes, une fonction d'audit interne et des fonctions d'évaluation sous la responsabilité de son inspecteur général.
De Bank heeft een uitgebreide structuur voor controles en financiële verslaggeving, met een onafhankelijk Comité voor de controle van de boekhouding dat door de Raad van gouverneurs wordt benoemd en hieraan rechtstreeks verantwoording aflegt. Daarnaast zijn er internationale externe accountants alsmede interne audit- en evaluatiefuncties, onder leiding van de inspecteur-generaal.