Les faiblesses de la pratique judiciaire et des méthodes d'enquête, notamment dans les affaires de corruption de haut niveau et de grande criminalité organisée, sont mises en évidence par la Commission depuis 2008[36]. La Bulgarie a, dans un premier temps, réagi aux préoccupations émises par la Commission en faisant procéder au suivi d’un certain nombre d’affaires d’intérêt public par le Conseil supérieur de la magistrature, par le biais d’actions de formation et de contrôles par l’Inspection, afin d’établir si les règles de procédure avaient été respectées par les juges.
Sedert 2008 wijst de Commissie op zwakke punten in de justitiële en de onderzoeksmethoden, voornamelijk in zaken met betrekking tot corruptie op hoog niveau en zware georganiseerde misdaad[36]. Bulgarije hield daar aanvankelijk rekening mee: de Hoge Raad van Justitie kan zaken van openbaar belang volgen, er worden opleidingsactiviteiten georganiseerd en de inspectiedienst kan controleren of rechters de procedurevoorschriften hebben nageleefd.
