S’il est vrai que plusieurs actions menées dans le cadre du programme Douane 2007 ont permis d'alléger les charges pour les opérateurs (ex.: mise en œuvre du nouveau système de transit informatisé), des critiques ont néanmoins été formulées sur le fait que la plupart des nouvelles mesures et initiatives prises en Europe depuis les attaques terroristes du 11 septembre 2001 étaient principalement axées sur des questions de sûreté et de sécurité, ce qui a souvent entraîné une charge supplémentaire sur les échanges.
Hoewel verschillende acties in het kader van het programma Douane 2007 ertoe hebben bijgedragen de lasten voor het bedrijfsleven te verminderen (bv. de toepassing van het nieuwe geautomatiseerde systeem voor douanevervoer), waren er klachten dat de meeste nieuwe maatregelen en initiatieven die sinds de terroristische aanslagen van 9/11 zijn genomen vooral op veiligheid zijn gericht, waardoor nog meer lasten voor de bedrijven ontstonden.