La proposition de la Commission relative à la création de l'entreprise commune SESAR laisse néanmoins en suspens quelques problèmes fondamentaux tels que la définition précise des phases, les garanties de la participation financière du secteur privé, les droits de propriété intellectuelle, les conflits d'intérêts potentiels, les statuts de l'entreprise commune et la révision de ceux-ci, la procédure d'accession de nouveaux membres et le droit de vote au sein du conseil d'administration et finalement, l'implication du Parlement européen.
Het voorstel van de Commissie inzake de oprichting van de gemeenschappelijke onderneming SESAR laat echter enkele fundamentele problemen onbesproken zoals de precieze omschrijving van de fases, de garanties voor de financiële deelname van de particuliere sector, de intellectuele -eigendomsrechten, de mogelijke belangenconflicten, het statuut van de gemeenschappelijke onderneming en de herziening ervan, de procedure voor de toetreding van nieuwe leden en stemrecht in de Raad van Bestuur en tot slot de betrokkenheid van het Europees Parlement.