En vertu de la directive, les États membres peuvent toutefois déroger à ces mesures de protection draconiennes "pour prévenir les dommages importants aux cultures, au bétail, aux forêts, aux pêcheries et aux eaux" ou "pour la protection de la flore et de la faune", s'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante.
Volgens de Vogelrichtlijn kunnen de lidstaten echter "ter voorkoming van belangrijke schade aan gewassen, vee, bossen, visserij en wateren" of "ter bescherming van flora en fauna" van deze strenge beschermingsmaatregelen afwijken, indien er geen andere bevredigende oplossing bestaat.