L'un des questions-clés portait sur le fait de savoir s'il fallait préconiser une gestion centrale des programmes par la Commission à Bruxelles, par le truchement de délégations dans les pays candidats, ou plutôt de manière décentralisée dans les PECO. En élaborant son règlement en 1999, l'UE s'est prononcée en faveur de la solution décentralisée, probablement avant tout pour des raisons pratiques.
Een van de centrale vragen, nl. of een centraal programmabeheer door de Commissie in Brussel, via delegaties in de kandidaatlanden of decentraal in de LMOE, de voorkeur verdiende, heeft de EU bij de opstelling van de verordening in 1999 - waarschijnlijk primair om praktische redenen - beantwoord met een keuze voor de decentrale oplossing.