Ce protocole traite également de la situation particulière du Liechtenstein. En effet, il est apparu que les liens juridiques et administratifs étroits qui le lient avec la Suisse, en particulier l'union douanière, étaient incompatibles avec la participation de la Principauté à l'EEE indépendamment de la Suisse et que le Liechtenstein devait redéfinir ses relations avec la Suisse avant de pouvoir appliquer l'accord EEE.
In dat protocol wordt ook ingegaan op de speciale situatie van Liechtenstein. Er is immers gebleken dat de nauwe juridische en administratieve banden tussen Liechtenstein en Zwitserland, en met name de douane-unie, incompatibel waren met de deelneming van Liechtenstein aan de EER los van Zwitserland, en dat Liechtenstein zijn betrekkingen met Zwitserland moet herdefiniëren alvorens het de EER-overeenkomst kan toepassen.