La Neuvième Partie de la CBE (« Accords particuliers ») a ainsi été amendée afin de permettre aux États membres de conclure des accords portant par exemple création d'une juridiction des brevets européens commune de première et/ou de deuxième instance, compétente pour régler les litiges en matière de contrefaçon et de validité des brevets européens, ou établissant une entité commune chargée de donner des avis sur le droit européen des brevets sur demande des juridictions nationales, ou encore prévoyant qu'il est renoncé à la traduction du brevet européen.
Het Negende deel van het EOV (Bijzondere overeenkomsten) werd geamendeerd om de lidstaten de mogelijkheid te geven overeenkomsten af te sluiten bijvoorbeeld houdende de oprichting van een gemeenschappelijke rechtbank voor Europese octrooien van eerste en/of van tweede aanleg, bevoegd voor het regelen van geschillen inzake namaak en geldigheid van Europese octrooien, of de oprichting van een gemeenschappelijke instantie die op aanvraag van de nationale rechtbanken advies geeft over het Europese octrooirecht, of de verklaring dat wordt verzaakt aan de vertaling van het Europees octrooi.