La coopération transnationale (20 % du budget) sur une échelle plus large, vise à promouvoir des coopérations entre régions voisines appartenant à une même aire géographique, sur des priorités stratégiques de l'Union, telles que la recherche et le développement, la société de l'information, l'environnement, l'enseignement supérieur, la mobilité et le développement urbain durable, ainsi que la gestion des catastrophes naturelles.
Transnationale samenwerking (20% van het budget) op grotere schaal is gericht op de bevordering van samenwerking tussen naburige regio’s die tot hetzelfde geografische gebied behoren, teneinde de strategische prioriteiten van de Unie te verwezenlijken op terreinen zoals onderzoek en ontwikkeling, de informatiemaatschappij, het milieu, hoger onderwijs, mobiliteit en duurzame stadsontwikkeling, alsmede het beheer van natuurrampen.