La transposition administrative de l'écoconditionnalité occasionne déjà des difficultés pratiques considérables aux autorités et aux agriculteurs des États membres actuels, qui possèdent une longue expérience de la mise en œuvre de la politique agricole. Elles seraient d'autant plus grandes pour les nouveaux États membres, qui doivent s'intégrer dans le système de gestion de la politique agricole commune.
De administratieve toepassing van cross-compliance brengt reeds voor het bestuursapparaat en voor de landbouwers in de oude lidstaten, die langjarige ervaring hebben opgedaan met de tenuitvoerlegging van het landbouwbeleid, aanzienlijke administratieve en praktische problemen met zich mee. Dit geldt des te meer voor de nieuwe lidstaten die nog maar bezig zijn een op het EU-landbouwsysteem gebaseerd bestuursapparaat op te bouwen.