L'échantillonnage devrait être ciblé sur les lots ou les cas où la contamination croisée avec des protéines transformées interdites est la plus probable (par exemple, premier lot après le transport d'aliments pour animaux qui contiennent des protéines animales dont la présence dans ce lot n'est pas autorisée, problèmes techniques ou changements concernant les chaînes de production, changements dans les trémies ou les silos destinés aux matières en vrac).
De bemonstering moet worden gericht op partijen of gebeurtenissen waarbij kruisverontreiniging met verboden verwerkte eiwitten het waarschijnlijkst is (bv. eerste partij na het vervoeren van diervoeders die voor die partij verboden dierlijke eiwitten bevatten, technische problemen of veranderingen in de productielijnen, veranderingen in de opslagbunkers of silo's voor bulkmateriaal).