Les principaux problèmes à épingler en matière de xénogreffes sont les suivants: - le rejet, comme pour les allogreffes; - la possibilité de transmission d'agents infectueux, en particulier les virus; - un contexte social de moins en moins favorable à l'utilisation expérimentale ou médicale des animaux.
De voornaamste problemen die moeten worden aangeduid in verband met xenotransplantatie zijn de volgende: - afstoting, net als bij allotransplantatie; - de mogelijkheid om ziektekiemen, met name virussen, over te dragen; - een sociale context, waarbij men meer en meer negatief staat tegenover het gebruik van dieren voor experimentele of medische doeleinden.