Elle prévoit la création (avant le mois de juin 1998) d'un réseau de sites protégés appelé «Natura 2000», englobant les ZPS désignées en application de la directive «Oiseaux sauvages» et des sites proposés par les États membres en vertu de la directive «Habitats».
De richtlijn voorzag in de totstandbrenging, tegen juni 1998, van een netwerk van bescherminszones onder de naam Natura 2000, met SBA's die worden aangewezen in het kader van de vogelrichtlijn en gebieden door de lidstaten worden voorgesteld in het kader van de habitatrichtlijn.