Dans les faits, les pouvoirs de l'Agence ont été réduits quant à son droit exclusif de conclure des accords et certains États ont mis en place des procédures simplifiées avec l'Agence, de sorte que celle-ci se trouve aujourd'hui cantonnée à un rôle de greffier.
Gaandeweg heeft het agentschap een aantal volmachten verloren, zoals zijn uitsluitend recht om contracten te sluiten, en sommige lidstaten hebben vereenvoudigde procedures afgesproken met het agentschap, waardoor zijn rol nu in feite beperkt is tot die van griffier.