Het Bureau werkt voorts samen met het Europees Ondersteuningsbureau voor asielzaken (EASO), het Europees migratienetwerk, Eurojust, de Europese Eenheid voor justitiële samenwerking, de Europese Politiedienst (Europol), de Europese Politieacademie (CEPOL) en het Europees Agentschap voor het operationeel beheer van grootschalige IT-systemen op het gebied van vrijheid, veiligheid en recht (IT-agentschap) overeenkomstig de toekomstige respectieve samenwerkingsovereenkomsten.
Ferner arbeitet sie mit dem Europäischen Unterstützungsbüro für Asylfragen (EASO), dem Europäischen Migrationsnetzwerk, der Stelle für justizielle Zusammenarbeit der Europäischen Union (Eurojust), dem Europäischen Polizeiamt (Europol), der Europäischen Polizeiakademie (CEPOL) und der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Großsystemen im Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts nach Maßgabe künftiger entsprechender Kooperationsabkommen zusammen.