Het beheer van het ISPA is, zoals het Parlement reeds heeft opgemerkt in zijn resolutie over de structuurfondsen, het Cohesiefonds en het ISPA (A5-0202/2002), en zoals ook de Rekenkamer aangeeft in haar jaarverslag over 2000, vanaf het programmajaar 2000 gepaard gegaan met tal van praktische uitvoeringsproblemen, die ten dele te voorzien waren, gelet op het innoverende karakter van het programma en het feit dat de projecten volgens communautaire normen moesten worden uitgevoerd in landen die geen deel uitmaken van de EU en waar dergelijke regels nog niet gelden en vaak ook gewoon onbekend blijken te zijn.
In der ISPA-Verwaltung sind, wie das Parlament in seiner Entschließung zu den Strukturfonds, dem Kohäsionsfonds und dem ISPA (A5‑0202/2002) und der Rechnungshof im Jahresbericht für 2000 bereits bemerkt haben, bei der konkreten Durchführung ab dem Programmplanungsjahr 2000 etliche Schwierigkeiten aufgetreten. Wenn man bedenkt, wie innovativ das Programm selbst war und dass nach Gemeinschaftsvorschriften Projekte in Ländern durchgeführt werden mussten, die nicht der EU angehören und in denen solche Vorschriften nicht gelten und häufig schlicht unbekannt sind, waren diese Schwierigkeiten zum Teil absehbar.