Naarmate de goedkeuringsprocedure vorderde, werd door een toenemend aantal leden van het Europees Parlement bezwaar aangetekend tegen het systeem, dat hen niet de mogelijkheid biedt te stemmen over individuele kandidaten of voorwaarden te verbinden aan de goedkeuring van de nieuwe Commissie.
Nachdem der Zustimmungsprozess immer weiter voran kam, gab es eine wachsende Zahl von MdEP, die Vorbehalte gegenüber dem System äußerten, das ihnen das Recht auf Abstimmung über einzelne Kandidaten oder auf qualifizierte Zustimmung zur neuen Kommission nimmt.