Nucleaire veiligheid is dan ook een primaire doelstelling van Agenda 2000 geworden; in dit document worden de kerncentrales van de kandidaatlanden in drie categorieën onderverdeeld: reactoren van Westerse makelij, waarbij het veiligheidsniveau op de lange termijn moet worden gewaarborgd; reactoren van Russische makelij, waarvan de veiligheid op een acceptabel peil moet worden gebracht en waarbij ervoor moet worden gezorgd dat de genomen verbeteringsmaatregelen op korte termijn bevredigende resultaten opleveren; en tenslotte de reactoren die niet verbeterd kunnen worden en dus definitief moeten worden gesloten.
Immerhin ist die Sicherheit in der Kernenergie auch zu einem vorrangigen Ziel der Agenda 2000 erklärt worden. Diese teilt die Kernkraftwerke der beitrittswilligen Länder in drei Kategorien ein: Reaktoren westlicher Bauart, deren hohes Sicherheitsniveau langfristig aufrechterhalten werden muß; Reaktoren sowjetischer Bauart, die nachgerüstet werden können, um schon kurzfristig ein zufriedenstellendes Sicherheitsniveau zu erreichen, sowie Reaktoren, die nicht nachgerüstet werden können und deshalb stillgelegt werden müssen.