De tweede generatie biobrandstoffen worden uit grondstoffen geproduceerd die geen voedselgewassen zijn en komen niet slechts van speciale energiegewassen, maar ook van bronnen zoals gerecyclede plantaardige olie, dierlijke vetten, nevenproducten van de bosbouwindustrie, bosrestproducten en vaste afvalstoffen zoals grassen.
Biokraftstoffe der zweiten Generation werden aus Ausgangsstoffen hergestellt, die keine Nahrungsmittelkulturen sind, und können nicht nur aus Energiepflanzen, sondern auch aus Quellen wie recycelte Pflanzenöle und tierische Fette, aus Nebenprodukten der Forstwirtschaft, Reststoffen der Forstwirtschaft und festen Abfällen wie Gräsern gewonnen werden.