Maar wanneer gevoelige gebieden niet formeel zijn aangewezen, past de Commissie een benadering per geval toe, daarbij lettend op enerzijds bestaande wetenschappelijke gegevens inzake het risico van eutrofiëring van de mariene wateren waarin de betreffende stroomgebieden uitmonden (die zijn erkend in de internationale verdragen die door deze landen zijn ondertekend: Helcom voor de Oostzee, het Ospar-verdrag voor de Noordzee, het verdrag van Barcelona voor de Middellandse Zee en het Donauverdrag en het Zwarte Zeeverdrag voor de Zwarte Zee) en anderzijds de locatie en de kenmerken van de ISPA-projecten.
Da die ökologisch empfindlichen Gebiete jedoch noch nicht offiziell ausgewiesen sind, wendet die Kommission eine einzelfallbezogene Methode an, die einerseits die vorhandenen wissenschaftlichen Daten über das Eutrophierungsrisiko des Seewassers im Mündungsbereich der Flussgebiete berücksichtigt (die auch im Rahmen der von diesen Ländern unterzeichneten internationalen Übereinkommen anerkannt ist: Helcom für die Ostsee, Ospar für die Nordsee, Barcelona für das Mittelmeer, Donauschutz- und Schwarzmeerübereinkommen für das Schwarze Meer) und andererseits den Standort und die Eigenschaften der ISPA-Projekte in Anrechnung bringt.