De begrotingen van het agentschap voor 2015 en voor 2016 zijn in 2015 aanzienlijk verhoogd in verband met de aanpak van de migratiecrisis. In het bijzonder werd het budget voor de gezamenlijke operaties Poseidon en Triton verdrievoudigd, waardoor het agentschap meer ondersteuning op het gebied van terugkeer kon bieden aan de lidstaten en in de noodzakelijke middelen voor de hotspots kon worden voorzien.
2015 wurden die Haushaltsmittel der Agentur für die Jahre 2015 und 2016 deutlich aufgestockt, um sie für die Bewältigung der Flüchtlingskrise zu rüsten. Dabei handelte es sich insbesondere um die Verdreifachung der Mittel für die gemeinsamen Aktionen Poseidon und Triton, um Mittel für den Ausbau der Unterstützung, die die Agentur den Mitgliedstaaten im Bereich der Rückführung bereitstellt, und um Mittel für die Ressourcen, die für die Einrichtung von Hotspots erforderlich sind.