In de nieuwe verordening worden ook de mechanismen omschreven die de Commissie kan aanwenden om de lidstaten tot naleving te verplichten: uitgebreidere verificatiebevoegdheden, onafhankelijke inspecties en audit, administratieve onderzoeken, opschorting of intrekking van EU-fondsen en vermindering van quota en visserijinspanning wanneer het controlesysteem van een lidstaat niet blijkt te werken.
Zudem geht die neue Verordnung detailliert auf die Mechanismen ein, mit denen die Kommission sicherstellen kann, dass die Mitgliedstaaten ihren Verpflichtungen nachkommen: Gestärkte Befugnisse in den Bereichen Überprüfung, unabhängige Inspektionen und Audit, behördliche Ermittlungen, Aussetzung oder Entzug von EU-Mitteln sowie Reduzierungen der Quoten und des Fischereiaufwands für den Fall, dass das Kontrollsystem eines Mitgliedstaat nicht wirksam zu sein scheint.