Kroatië neemt ook deel aan drie programma’s voor grensoverschrijdende samenwerking van het IPA met aangrenzende lidstaten: twee bilaterale programma’s met Slovenië en Hongarije en het multilaterale programma voor grensoverschrijdende samenwerking voor de Adriatische Zee.
Darüber hinaus nimmt Kroatien an drei CBC-Programmen mit benachbarten Mitgliedstaaten teil; dabei handelt es sich um zwei bilaterale Programme mit Slowenien bzw. Ungarn und das multilaterale IPA-CBC-Programm „Adria“.