In 2013 heeft de Commissie een hervorming van Eurojust voorgesteld met als doel de algehele werking ervan verder te verbeteren en het college en de nationale leden in staat te stellen zich toe te leggen op hun operationele taken, dat wil zeggen het coördineren en stimuleren van de samenwerking tussen de nationale rechterlijke instanties wat betreft de bestrijding van grensoverschrijdende criminaliteit.
2013 hat die Kommission eine Reform von Eurojust vorgeschlagen. Mit ihr sollen die Arbeit der Behörde verbessert und das Kollegium und die Mitglieder aus den Mitgliedstaaten in die Lage versetzt werden, sich auf ihre operativen Aufgaben zu konzentrieren, d. h. die Zusammenarbeit zwischen den einzelstaatlichen Justizbehörden bei der Bekämpfung grenzübergreifender Kriminalität zu koordinieren und zu fördern.