Artikel 39 verplicht de lidstaten ertoe een toezichthoudende autoriteit op te richten en is gebaseerd op artikel 28, lid 1, van Richtlijn 95/46/EG en artikel 25 van Kaderbesluit 2008/977/JBZ. De taakomschrijving van deze autoriteiten wordt uitgebreid: zo moeten zij bijdragen tot een consequente toepassing van de richtlijn in de gehele Unie. De toezichthoudende autoriteit die bij de algemene verordening gegevensbescherming is opgericht, kan ook optreden als de toezichthoudende autoriteit voor deze richtlijn.
Artikel 39 verpflichtet die Mitgliedstaaten in Anlehnung an Artikel 28 Absatz 1 der Richtlinie 95/46/EG und an Artikel 25 des Rahmenbeschlusses 2008/977/JI, Aufsichtsbehörden einzurichten, zu deren Aufgaben auch die Zusammenarbeit untereinander sowie mit der Kommission zählt, um so zur einheitlichen Anwendung dieser Richtlinie in der Union beizutragen.