Richtlijn 2006/88/EG bepaalt dat de lidstaten in afwijking van de in die richtlijn gestelde eis inzake vergunningverlening alleen de registratie door de bevoegde autoriteit kunnen eisen van andere voorzieningen dan aquacultuurproductiebedrijven waar niet voor de handel bestemde waterdieren worden gehouden, „put-and-take-visbedrijven”, en aquacultuurproductiebedrijven die aan plaatselijke consumenten leveren.
Gemäß Richtlinie 2006/88/EG können die Mitgliedstaaten abweichend von der in dieser Richtlinie festgelegten Genehmigungspflicht vorschreiben, dass von der zuständigen Behörde lediglich eine Registrierung erfolgt von: anderen Anlagen als Aquakulturbetrieben, in denen Wassertiere gehalten werden, die nicht in den Verkehr gebracht werden sollen; Angelgewässern; Aquakulturbetrieben, die für lokale Abnehmer produzieren.