IMI is op basis van het beginsel van de „ingebouwde privacy” ontwikkeld tegen de achtergrond van de vereisten die de wetgeving op het gebied van de gegevensbescherming stelt. Vanaf de allereerste opzet heeft de gegevensbescherming een centrale rol gespeeld binnen IMI, met name vanwege de beperkingen die gelden voor de toegang tot de uitgewisselde persoonsgegevens in IMI.
Im Einklang mit dem Grundsatz des „eingebauten Datenschutzes“ wurde das IMI entsprechend den Anforderungen der Datenschutzvorschriften entwickelt und ist daher von Beginn an datenschutzfreundlich ausgelegt, insbesondere aufgrund der vorgesehenen Beschränkungen hinsichtlich des Zugangs zu den im Rahmen des IMI ausgetauschten personenbezogenen Daten.