Ook kunnen prestatieaudits moeilijkheden aan het licht brengen die in wezen in de beleidssfeer liggen, bijvoorbeeld conflicterende of niet-geformuleerde beleidsdoelstellingen.
Dadurch können auch Schwierigkeiten, die grundsätzlich politischer Natur sind, sichtbar werden, so zum Beispiel aneinander widersprechende oder nicht klar formulierte Zielvorgaben.