In 2000 werden in de derde fase van het programma (Tempus III)[2] twee nieuwe aspecten geïntroduceerd. Naast de beproefde specifieke aanpak voor ieder land afzonderlijk werd meer nadruk gelegd op de mogelijkheden van het programma om de regionale samenwerking te stimuleren; ook is sterker gewezen op de noodzaak van consistentie en complementariteit met andere programma’s van de Gemeenschap en synergie-effecten met andere vormen van bijstand aan de partnerlanden.
Anschließend wurden in der dritten Phase von TEMPUS (TEMPUS III) im Jahr 2002 zwei innovative Aspekte eingeführt[2]. Neben den bewährten länderspezifischen Ansätzen wurde besonderer Nachdruck auf die Fähigkeit des Programms zur Förderung der regionalen Zusammenarbeit gelegt, und es wurde explizit auf die Notwendigkeit hingewiesen, Kohärenz und Komplementarität mit anderen Gemeinschaftsprogrammen zu gewährleisten sowie Synergieeffekte mit anderen Formen der Unterstützung für die Partnerländer zu erzielen.