Beschikking 2009/852/EG bepaalt ook dat in afwijking van de voorschriften van Verordening (EG) nr. 853/2004 de in bijlage II daarbij opgenomen melkverwerkingsinrichtingen tot en met 31 december 2011 melk die wel en melk die niet aan de voorschriften voldoet, mogen verwerken, mits deze verwerking in afzonderlijke productielijnen wordt uitgevoerd.
Die Entscheidung 2009/852/EG sieht außerdem vor, dass abweichend von den Anforderungen der Verordnung (EG) Nr. 853/2004 die in ihrem Anhang II aufgeführten milchverarbeitenden Betriebe bis 31. Dezember 2011 konforme und nichtkonforme Mich verarbeiten dürfen, sofern die Verarbeitung in getrennten Produktionslinien erfolgt.