Als afwijking van het bovenstaande kunnen programma's in het kader van de Europese territoriale samenwerking door de Commissie worden goedgekeurd vóór de vaststelling van het besluit tot goedkeuring van de partnerschapsovereenkomst en kunnen specifieke operationele programma's voor het in artikel 15, punt iii), onder a), van de ESF-verordening bedoelde Jongerenwerkgelegenheidsinitiatief en de onder artikel 33 bis, lid 4, onder b), bedoelde specifieke programma's worden door de Commissie worden goedgekeurd vóór de indiening van de partnerschapsovereenkomst.
Abweichend hiervon können Programme im Rahmen des Ziels „Europäische territoriale Zusammenarbeit“ von der Kommission vor der Annahme des Beschlusses zur Genehmigung der Partnerschaftsvereinbarung genehmigt werden, außerdem können die zweckbestimmten operationellen Programme für die Beschäftigungsinitiative für junge Menschen gemäß Artikel 15 Ziffer iii Buchstabe a der ESF-Verordnung sowie die zweckbestimmten operationellen Programme gemäß Artikel 33a Absatz 4 Buchstabe b von der Kommission vor der Einreichung der Partnerschaftsvereinbarung genehmigt werden.