De belangrijkste expertise van het CERGE-EI ligt op het gebied van de sociale, economische en politieke overgang in de landen van Midden- en Oost-Europa en de regio van de voormalige Sovjet-Unie.
Es ist hauptsächlich spezialisiert auf den sozialen, ökonomischen und politischen Wandel in mittel- und osteuropäischen Ländern und im Gebiet der ehemaligen Sowjetunion.